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超聲波清洗機雖然應用廣泛，但也離不開清洗劑的輔助作用。一般來說，超聲波清洗機常用的清洗劑包括這兩類：化學清洗劑(溶劑型清洗劑)和水基清洗劑。也就是說，超聲波的機械和物理作用與超聲波清洗劑的化學溶解和軟化作用相結合，可以達到理想的清洗效果。
1、溶劑型清洗劑
有機溶劑清洗劑(超聲波)→水基清洗劑(超聲波)→城市水漂洗→純水漂洗→IPA(異丙醇)脫水→IPA慢拉干燥。
溶劑型清洗劑的主要用途是清洗機械零件上的油漬。過去，溶劑型清洗劑多為三氯乙烯。由于三氯乙烯屬于ODS(Ozone Depleting Substance)產品，處于強制淘汰階段，長期使用三氯乙烯極易引發職業病，而且由于三氯乙烯極不穩定易水解成酸性，會腐蝕鏡片和設備。對此，國內清洗劑生產企業逐漸開始研發生產不含ODS的環保型溶劑型清洗劑。
2、水基型清洗劑
水基清洗劑(超聲波)→市水漂洗→水基清洗劑→市水漂洗→純水漂洗→IPA脫水→IPA慢拉干燥。
使用水基清洗劑和溶劑型清洗劑主要的區別在于前兩個清洗單元：溶劑型清洗劑不能用水稀釋，不能清洗大型機械設備。水基清潔是不同的。無論是零件還是大型機械設備都能起到很好的清洗效果，大大降低了后續清洗單元中水基清洗劑的清洗壓力。
水基清洗劑的缺點是長期使用可能會導致設備表面出現銹斑，對質量要求較高的設備和零件不建議使用。
